Το Μουσείο στεγάζεται σε ιδιόκτητο κτίριο στην οδό Ζησιμοπούλου 12, 11524 Αθήνα.
Οι συλλογές του Μουσείου παρουσιάζονται σε 4 ορόφους.
1ος όροφος: Μύθοι και ήρωες
Ο πρώτος όροφος είναι αφιερωμένος στην αρχαιολατρία και την υιοθέτηση της κλασικής παιδείας από την Αναγέννηση έως τον 19ο αιώνα.
Στον πρώτο όροφο έχει τοποθετηθεί το πρωτότυπο της σανδαλιζόμενης Νίκης, έργο του γλύπτη Βρούτου του 1900, στο οποίο θα στηριχθεί η Νίκη που θα δεσπόζει στο μνημείο των Φιλελλήνων που ετοιμάζει η ΕΕΦ επί της Βασιλίσσης Σοφίας.
Δίπλα από το γλυπτό της Νίκης έχουν τοποθετηθεί δύο πίνακες με τα ονόματα 1500 εμβληματικών Φιλελλήνων, την μνήμη και το έργο των οποίων τιμά το Μουσείο.
2ος όροφος: Ελλάδα: Ο τόπος και οι άνθρωποι
Ο δεύτερος όροφος είναι αφιερωμένος στην εξιδανικευμένη Ελλάδα, όπως την είδαν και την προέβαλαν οι Φιλέλληνες καλλιτέχνες. Η τέχνη αυτή αποδεικνύει τα αισθήματα θαυμασμού και αγάπης των Φιλελλήνων έναντι της Ελλάδας και της Ελληνικής παιδείας.
3ος όροφος: Ελληνική Επανάσταση και φιλελληνισμός
Ο τρίτος όροφος είναι αφιερωμένος στον φιλελληνισμό κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης, και την συνεισφορά των Φιλελλήνων στο αγώνα για την απελευθέρωση της Ελλάδος, κοιτίδας του δυτικού πολιτισμού.
4ος όροφος: Περιοδική έκθεση, αφιέρωμα στον Αμερικανικό Φιλελληνισμό
Ο τέταρτος όροφος παρουσιάζει τις σχέσεις που είχε η Αμερικανική με την Ελληνική Επανάσταση, προβάλει τα πορτραίτα και την δράση σημαντικών Αμερικανών Φιλελλήνων. Ακόμη προβάλει την επίπτωση που είχε η Ελληνική Επανάσταση στον αγώνα για την κατάργηση της δουλείας και τα ανθρώπινα δικαιώματα. Τέλος καταγράφεται η επίδραση που είχε ο Ελληνικός πολιτισμός και η Αθηναϊκή δημοκρατία στο πολιτικό σύστημα και την αρχιτεκτονική στις ΗΠΑ.
Στο Μουσείο Φιλελληνισμού λειτουργεί αίθουσα προβολής ταινιών και μουσικών εκδηλώσεων και πλήρες τηλεοπτικό studio.
